Modelowanie molekularne - oprogramowanie

Modelowanie molekularne - oprogramowanie

Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych. Poniżej lista programów znajdujących zastosowanie w modelowaniu układów biologicznych, ich badaniu i wizualizacji.

Wizualizacja układów biologicznych

• VMD
• YASARA
• RasMol
• Molekel

Dynamika Molekularna

• AMBER
• NAMD
• GROMACS
• GROMOS
• YASARA

Ocena struktury przestrzennej białka

• ANOLEA
• Prosa
• Verify3D
• WHAT_CHECK

Uliniawianie sekwencji

• ClustalW

Budowa ligandów

• PRODRG

Dokowanie

• AUTODOCK4
• DOCK
• FlexX

Przewidywanie struktury białka

• CABS
• ROSETTA
• MODELLER