Dynamiczne domeny

Przykładowe białko 1CFC, którego strukturę wyznaczono w eksperymencie NMR. Na rysunku przedstawiono pierwszy model w pliku uzyskanym z Protein Data Bank (PDB).

Graficzne przedstawienie wszystkich modeli białka 1CFC, uzyskane poprzez nałożenie na siebie atomów z pierwszej domeny. Widać, że druga domena jest ruchliwa wględem pierwszej. Choć sztywność pierwszej domeny jest w tej reprezentacji dostrzegalna, nie jesteśmy w stanie ocenić, czy druga domena jest również wewnętrznie sztywna.

Po nałożeniu na siebie atomów z drugiej domeny widzimy, że jedynym ruchomym elementem jest pętla.

Identyfikacja dynamicznych domen (przedstawiona poprzez zaznaczenie względnie ruchomych elementów różnymi kolorami) pozwala zwizualizować zachowywaną w uzyskanych modelach sztywność elementów strukturalnych.

Dynamiczne domeny to strukturalne części cząsteczki białka, które w wyniku zmian konformacyjnych zachowują swój kształt (pozostają sztywne), ale ruszają się względem siebie. W odróżnieniu do klasycznych domen białkowych, dynamiczne domeny nie muszą być związane z konserwowanymi odcinkami sekwencji aminokwasowej. Identyfikacja dynamicznych domen odbywa sie poprzez analizę trajektorii białka, uzyskaną z dynamiki molekularnej (MD), bądź poprzez badanie fizycznych własności pojedynczej konfiguracji.