| Linia 4: | Linia 4: | ||
Poniższe ćwiczenie pokazuje od strony praktycznej jak do miejsca wiążącego białka można zadokować ligand korzystając z progarmu AutoDock oraz pakietu ADT (AutoDockTools): | Poniższe ćwiczenie pokazuje od strony praktycznej jak do miejsca wiążącego białka można zadokować ligand korzystając z progarmu AutoDock oraz pakietu ADT (AutoDockTools): | ||
| − | + | ;Przygotowanie receptora oraz liganda. | |
| − | Strukturę receptora pobrać można z bazy PDB (ang. Protein Data Bank), PDB ID: [http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2rh1 2RH1]. W pobranym pliku 2RH1.pdb oprócz innych cząsteczek zapisana jest struktura przestrzenna receptora β<sub>2</sub>-adrenergicznego. | + | :Strukturę receptora pobrać można z bazy PDB (ang. Protein Data Bank), PDB ID: [http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2rh1 2RH1]. W pobranym pliku 2RH1.pdb oprócz innych cząsteczek zapisana jest struktura przestrzenna receptora β<sub>2</sub>-adrenergicznego. |
: a) Strukturę samego receptora należy zachować w osobnym pliku receptor.pdb (reszty od ASP29 do LEU342) | : a) Strukturę samego receptora należy zachować w osobnym pliku receptor.pdb (reszty od ASP29 do LEU342) | ||
: b) Współrzedne liganda do pobrania: [[fike:receptor.txt|receptor]] | : b) Współrzedne liganda do pobrania: [[fike:receptor.txt|receptor]] | ||
Wersja z 14:13, 1 cze 2012
Ćwiczenie: Dokowanie Ligandów
Celem ćwiczenia jest zbadanie sposobów wiązania się carazololu (typowego antagonisty receptorów adrenergicznych) do receptora β2-adrenergiczneg z zastosowaniem programu AutoDock. Receptory adrenergiczne, podobnie jak rodopsyna, należą do rodziny A receptorów GPCR. Receptory te zlokalizowane są w dużej liczbie tkanek i narządów człowieka, między innymi w centralnym układzie nerwowym, wątrobie, trzustce, nerkach, płytkach krwi i w oku. Typowymi endogennymi ligandami tych białek są hormony, takie jak adrenalina (epinefryna) oraz noradrenalina (norepinefryna). Receptory adrenergiczne biorą udział w kaskadach sygnalizacyjnych: regulujących poziom ciśnienia tętniczego, odpowiadających za częstość skurczów serca, wpływających na funkcje oddechowe oraz mobilizację organizmu do obrony. Receptory adrenergiczne dzielimy na dwa typy α i β. Ponadto w każdej z rodzin, występuje kilka podtypów danego receptora, które różnią się między sobą lokalizacją w organizmie, selektywnością w wiązaniu ligandów, a także sposobem przekazywania sygnału przez białka G.
Poniższe ćwiczenie pokazuje od strony praktycznej jak do miejsca wiążącego białka można zadokować ligand korzystając z progarmu AutoDock oraz pakietu ADT (AutoDockTools):
- Przygotowanie receptora oraz liganda.
- Strukturę receptora pobrać można z bazy PDB (ang. Protein Data Bank), PDB ID: 2RH1. W pobranym pliku 2RH1.pdb oprócz innych cząsteczek zapisana jest struktura przestrzenna receptora β2-adrenergicznego.
- a) Strukturę samego receptora należy zachować w osobnym pliku receptor.pdb (reszty od ASP29 do LEU342)
- b) Współrzedne liganda do pobrania: receptor
- Instalacja programu AutoDock oraz ADT (AutoDockTools).
- a) Program AutoDock należy pobrać ze strony: http://autodock.scripps.edu/downloads a następnie zainstalować go zgodnie z instrukcją http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-4-2-x-installation-on-windows/
- b) Program ADT należy pobrać ze strony: http://autodock.scripps.edu/downloads/resources/adt/index_html a następnie zainstalować go zgodnie z instrukcją http://mgltools.scripps.edu/downloads/previous-releases/downloads/instructions/win .