Splacing

Z BioInf

SPLACING

Splacing jest to proces polegający na usuwaniu intronów z pre-mRNA tuż po transkrypcji i połączenia eksonów tak aby dojrzały pre-mRNA przygotowany do translacji kodował ciągły łąńcuch polipeptydowy. Proces ten jest kontrolowany przez obecność określonych sekwencji RNA w intronach i eksonach oraz przez wiele czynników białkowych (naważniejsze to rybonukleproteiny -snRNP: U1, U2, U4, U5, U6). Na nici mRNA powstaje dynamiczny kompleks białkowy nazywany spliceosomem. Uczestniczące w nim białka snRNP rozpoznają trzy sekwencje sygnałowe w intronach: na końcu 5’ (sekwencję GU a dla alternatywnego splicingu AU) i 3’ (sekwencję AG a dla alternatywnego splicingu AC) oraz miejsce rozgałęzienia (nukleotyd adeninowy (A)), tworząc z nimi komplementarne połączenia typu RNA:RNA. Skład kompleksu białkowego jest zmieny w zależności od etapu wycinania intronu. Wyróżniamy cztery etapy tego procesu: E, A, B, C (opisany przez Graveley’a w 2000 roku) [1] :

  • -etap E- U1 snRNP wiąże się z sekwencją sygnałową 5’, SF1/mBBP z sekwencją rozgałęzienia, a U2AF65 z traktem pirymidynowym (5’-YYYYY-3’), U2AF35 z sekwencją sygnałową 3’
  • -etap A- do miejsca rozgałęzienia dochodzi U2 snRNP
  • -etap B- do miejsca z U2 snRNP dołącza U4/U6●U5 tri-snRNP
  • -etap C- U6 snRNP zastępuje U1 snRNP i oddziałuje z U2 snRNP, U5 snRNP znajduje się w poblizu miejsca cięcia, U1 i U4 snRNP ulegają destabilizacji - taki kompleks jest aktywny katalotycznie i umożliwa wycięcie intronu oraz odtworzenie wiązania pomiędzy eksonami.

BIBLIOGRAFIA

  1. Graveley B.R., ”Sorting out the complexity of SR protein functions.” RNA 2000;6:1197-211
Osobiste