Weighted Histogram Analysis Method (WHAM)

WHAM

Jedna z powszechnie stosowanych metod wyznaczania energii swobodnej, stosowana (w różnych formach) do dziś. Zaproponowana została przez Ferrenberga i Swendsena w 1989 [1] do ogólnego zastosowania, a zaadaptowana przez Kumara i Rosenberga do świata biomolekuł w 1992 roku [2].

Formalizm

Przypomnijmy, że różnica energii swobodnej stanów A oraz B wyraża się wzorem (zobacz tu):

bądź równoważnie:

Zauważ, że stany A i B oznaczają pewien podzbiór przestrzeni konfiguracyjnej, tzn.

gdzie N oznacza liczbę atomów układu (np. białko+ligand+jony+solwent).

Literatura

1. Optimized Monte Carlo Data Analysis. Phys. Rev. Lett. (1989) 63, 1195--1198, A. M. Ferrenberg, R. H. Swendsen.
2. The weighted histogram analysis method for free‐energy calculations on biomolecules. I. The method. Journal of computational chemistry 13.8 (1992): 1011-1021, S. Kumar, J. M. Rosenberg.