| Linia 1: | Linia 1: | ||
=WHAM= | =WHAM= | ||
| − | + | Wighted Histogram Analysis Method (WHAM) jest jedną z powszechnie stosowanych metod wyznaczania energii swobodnej, stosowana (w różnych formach) do dziś. | |
Zaproponowana została przez Ferrenberga i Swendsena w 1989 [1] do ogólnego zastosowania, a zaadaptowana przez Kumara i Rosenberga do świata biomolekuł w 1992 roku [2]. | Zaproponowana została przez Ferrenberga i Swendsena w 1989 [1] do ogólnego zastosowania, a zaadaptowana przez Kumara i Rosenberga do świata biomolekuł w 1992 roku [2]. | ||
| − | == | + | ==Wprowadzenie== |
Przypomnijmy, że różnica energii swobodnej stanów ''A'' oraz ''B'' wyraża się wzorem (zobacz [[Energia swobodna | tu]]): | Przypomnijmy, że różnica energii swobodnej stanów ''A'' oraz ''B'' wyraża się wzorem (zobacz [[Energia swobodna | tu]]): | ||
[[Image:EToDeltaF.png|thumb|center |x50px]] | [[Image:EToDeltaF.png|thumb|center |x50px]] | ||
| Linia 18: | Linia 18: | ||
Istotnie, wkłady pochodzące z tych wysoko-energetycznych konfiguracji są pomijalne w całkach w powyższych wzorach (energia potencjalna jest w wykładniku ''e'' z ujemnym znakiem). | Istotnie, wkłady pochodzące z tych wysoko-energetycznych konfiguracji są pomijalne w całkach w powyższych wzorach (energia potencjalna jest w wykładniku ''e'' z ujemnym znakiem). | ||
| − | Jest też jasne, że nisko-energetyczne konfiguracje będą miały istotny wpływ na różnicę energii swobodnej, pomimo tego, że | + | Jest też jasne, że nisko-energetyczne konfiguracje będą miały istotny wpływ na różnicę energii swobodnej, pomimo tego, że jest ich stosunkowo niewiele. |
| − | Natomiast trudno antycypować na podstawie samych wzorów | + | Natomiast trudno antycypować na podstawie samych wzorów, że znaczący wkład do energii swobodnej mają obszary o "średniej" energii potencjalnej. |
| − | Wprawdzie przyczynki do energii swobodnej wykładniczo maleją z rosnącą energią potencjalną, | + | Wprawdzie przyczynki do energii swobodnej wykładniczo maleją z rosnącą energią potencjalną, obszarów o "nie najniższej" energii potencjalnej są olbrzymie. |
| + | |||
| + | Algorytm WHAM iteracyjnie estymuje obszary o zadanych wartościach energii potencjalnej, co pozwala obliczyć całki występujące we wzorach na energię swobodną. | ||
| + | Jej podstawową wadą jest to, że pozwala wyznaczyć jedynie różnice energii swobodnej (a zatem ilorazy całek), a nie wartości bezwzględne. | ||
==Literatura== | ==Literatura== | ||
Wersja z 17:28, 4 mar 2015
WHAM
Wighted Histogram Analysis Method (WHAM) jest jedną z powszechnie stosowanych metod wyznaczania energii swobodnej, stosowana (w różnych formach) do dziś. Zaproponowana została przez Ferrenberga i Swendsena w 1989 [1] do ogólnego zastosowania, a zaadaptowana przez Kumara i Rosenberga do świata biomolekuł w 1992 roku [2].
Wprowadzenie
Przypomnijmy, że różnica energii swobodnej stanów A oraz B wyraża się wzorem (zobacz tu):
bądź równoważnie:
gdzie Φ oznacza funkcję położeń atomów układu x, wyznaczającą energię potencjalną układu.
Zauważ, że stany A i B to w istocie podzbiory przestrzeni konfiguracyjnej, tzn.
gdzie N oznacza liczbę atomów układu (np. białko+ligand+jony+solwent+...). Przestrzeń konfiguracyjna pełna jest "nierealnych" obszarów, czy też: niefizycznych tzn. takich, którym odpowiada bardzo wysoka energia potencjalna. Przyczyną mogą być zawady steryczne, bądź nienaturalnie długie wiązania między atomami. Intuicyjnie, takie niefizyczne obszary nie powinny wpływać na prawdopodobieństwo danego stanu, a zatem - również na energię swobodną. Istotnie, wkłady pochodzące z tych wysoko-energetycznych konfiguracji są pomijalne w całkach w powyższych wzorach (energia potencjalna jest w wykładniku e z ujemnym znakiem).
Jest też jasne, że nisko-energetyczne konfiguracje będą miały istotny wpływ na różnicę energii swobodnej, pomimo tego, że jest ich stosunkowo niewiele. Natomiast trudno antycypować na podstawie samych wzorów, że znaczący wkład do energii swobodnej mają obszary o "średniej" energii potencjalnej. Wprawdzie przyczynki do energii swobodnej wykładniczo maleją z rosnącą energią potencjalną, obszarów o "nie najniższej" energii potencjalnej są olbrzymie.
Algorytm WHAM iteracyjnie estymuje obszary o zadanych wartościach energii potencjalnej, co pozwala obliczyć całki występujące we wzorach na energię swobodną. Jej podstawową wadą jest to, że pozwala wyznaczyć jedynie różnice energii swobodnej (a zatem ilorazy całek), a nie wartości bezwzględne.
Literatura
- Optimized Monte Carlo Data Analysis. Phys. Rev. Lett. (1989) 63, 1195--1198, A. M. Ferrenberg, R. H. Swendsen.
- The weighted histogram analysis method for free‐energy calculations on biomolecules. I. The method. Journal of computational chemistry 13.8 (1992): 1011-1021, S. Kumar, J. M. Rosenberg.