Z BioInf
(→WHAM) |
(→WHAM) |
||
| Linia 8: | Linia 8: | ||
bądź równoważnie: | bądź równoważnie: | ||
[[Image:DeltaF.png|thumb|center |x50px]] | [[Image:DeltaF.png|thumb|center |x50px]] | ||
| + | gdzie Φ oznacza funkcję położeń atomów układu '''x''', która wyznacza energię potencjalną układu. | ||
| − | Zauważ, że stany ''A'' i ''B'' | + | Zauważ, że stany ''A'' i ''B'' to w istocie podzbiory ''przestrzeni konfiguracyjnej'', tzn. |
[[Image:ABsubset.png|thumb|center |x40px]] | [[Image:ABsubset.png|thumb|center |x40px]] | ||
gdzie ''N'' oznacza liczbę atomów układu (np. białko+ligand+jony+solwent). | gdzie ''N'' oznacza liczbę atomów układu (np. białko+ligand+jony+solwent). | ||
| + | Przestrzeń konfiguracyjna | ||
==Literatura== | ==Literatura== | ||
Wersja z 16:12, 4 mar 2015
WHAM
Jedna z powszechnie stosowanych metod wyznaczania energii swobodnej, stosowana (w różnych formach) do dziś. Zaproponowana została przez Ferrenberga i Swendsena w 1989 [1] do ogólnego zastosowania, a zaadaptowana przez Kumara i Rosenberga do świata biomolekuł w 1992 roku [2].
Formalizm
Przypomnijmy, że różnica energii swobodnej stanów A oraz B wyraża się wzorem (zobacz tu):
bądź równoważnie:
gdzie Φ oznacza funkcję położeń atomów układu x, która wyznacza energię potencjalną układu.
Zauważ, że stany A i B to w istocie podzbiory przestrzeni konfiguracyjnej, tzn.
gdzie N oznacza liczbę atomów układu (np. białko+ligand+jony+solwent). Przestrzeń konfiguracyjna
Literatura
- Optimized Monte Carlo Data Analysis. Phys. Rev. Lett. (1989) 63, 1195--1198, A. M. Ferrenberg, R. H. Swendsen.
- The weighted histogram analysis method for free‐energy calculations on biomolecules. I. The method. Journal of computational chemistry 13.8 (1992): 1011-1021, S. Kumar, J. M. Rosenberg.