Z BioInf
Skocz do: nawigacja, szukaj
(Energia swobodna (metody))
(Energia swobodna (metody))
Linia 1: Linia 1:
 
=Energia swobodna (metody)=
 
=Energia swobodna (metody)=
 +
Teoria, na której komputerowe metody wyznaczania energii swobodnej wyrastają, powstała na początku XX wieku i rozwijana jest do dzisiaj.
 +
Jednak nawet bardzo uproszczone narzędzia estymacji energii swobodnej długo nie mogły powstać z powodu ograniczeń mocy obliczeniowej komputerów.
  
 +
John Kirkwood [1] położył podwaliny pod przyszłe uogólnione metody wyznaczania energii swobodnej - teorię perturbacyjną ([[Free Energy Perturbation (FEP)|FEP]]) oraz całkowanie termodynamiczne ([[Thermodynamic Integration (TI)|TI]]).
 +
Posługując się ówczesnymi zdobyczami mechaniki statystycznej, Kirkwood zaproponował koncepcję ''współrzędnej reakcji'', czy też: ''parametru porządku'', tzn. ogólnego sposobu opisu przebiegu reakcji, którą Kirkwood posłużył się do zdefiniowania zmiany w energii swobodnej między dwoma stabilnymi stanami układu.
 +
 +
Blisko 20 lat później Robert Zwanzig [2] wykorzystał podejście perturbacyjne do wyznaczenia zmian energii swobodnej modelowych atomów, które oddziaływały ze sobą za pomocą prostego, aczkolwiek niefizycznego, potencjału przyciągającego.
 +
Rozwinięcie w wysokich temperaturach zaproponowane przez Zwanziga dla prostych apolarnych gazów stało się bazą dla przyszłej metody FEP.
 +
Chociaż należy wspomnieć, że już Lew Landau [3] podał w swoim podręczniku ''Fizyka statystyczna'' proste wyprowadzenie podstawowego równania wykorzystywanego w FEP już w 1938 roku.
  
 
===Snippets:===
 
===Snippets:===
 
Zauważ, że energia potencjalna układu złożonego z atomów powinno sie, formalnie, wyznaczać za pomocą metod mechaniki kwantowej.
 
Zauważ, że energia potencjalna układu złożonego z atomów powinno sie, formalnie, wyznaczać za pomocą metod mechaniki kwantowej.
Jednak założymy, że układ jest klasyczny (złożony z kulek i sprężynek, których oddziaływanie zawiera się w Φ)
+
Jednak założymy dla uproszczenia, że układ jest klasyczny (złożony z kulek i sprężynek, których oddziaływanie zawiera się w Φ).
 +
 
 +
 
 +
===Literatura===
 +
 
 +
# ''Statistical Mechanics of fluid Mixtures.'' J. Chem. Phys. 1935, 3, 300, J. G. Kirkwood.
 +
# ''High-temperature equation of state by a perturbation method. I. Nonpolar gases'' J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420--1426, R. Zwanzig.
 +
# ''Statistical physics'', Clarendon: Oxford, 1938, L. D. Landau.

Wersja z 12:21, 10 lut 2015

Energia swobodna (metody)

Teoria, na której komputerowe metody wyznaczania energii swobodnej wyrastają, powstała na początku XX wieku i rozwijana jest do dzisiaj. Jednak nawet bardzo uproszczone narzędzia estymacji energii swobodnej długo nie mogły powstać z powodu ograniczeń mocy obliczeniowej komputerów.

John Kirkwood [1] położył podwaliny pod przyszłe uogólnione metody wyznaczania energii swobodnej - teorię perturbacyjną (FEP) oraz całkowanie termodynamiczne (TI). Posługując się ówczesnymi zdobyczami mechaniki statystycznej, Kirkwood zaproponował koncepcję współrzędnej reakcji, czy też: parametru porządku, tzn. ogólnego sposobu opisu przebiegu reakcji, którą Kirkwood posłużył się do zdefiniowania zmiany w energii swobodnej między dwoma stabilnymi stanami układu.

Blisko 20 lat później Robert Zwanzig [2] wykorzystał podejście perturbacyjne do wyznaczenia zmian energii swobodnej modelowych atomów, które oddziaływały ze sobą za pomocą prostego, aczkolwiek niefizycznego, potencjału przyciągającego. Rozwinięcie w wysokich temperaturach zaproponowane przez Zwanziga dla prostych apolarnych gazów stało się bazą dla przyszłej metody FEP. Chociaż należy wspomnieć, że już Lew Landau [3] podał w swoim podręczniku Fizyka statystyczna proste wyprowadzenie podstawowego równania wykorzystywanego w FEP już w 1938 roku.

Snippets:

Zauważ, że energia potencjalna układu złożonego z atomów powinno sie, formalnie, wyznaczać za pomocą metod mechaniki kwantowej. Jednak założymy dla uproszczenia, że układ jest klasyczny (złożony z kulek i sprężynek, których oddziaływanie zawiera się w Φ).


Literatura

  1. Statistical Mechanics of fluid Mixtures. J. Chem. Phys. 1935, 3, 300, J. G. Kirkwood.
  2. High-temperature equation of state by a perturbation method. I. Nonpolar gases J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420--1426, R. Zwanzig.
  3. Statistical physics, Clarendon: Oxford, 1938, L. D. Landau.