(→Ćwiczenie: Dokowanie Ligandów) |
|||
| Linia 6: | Linia 6: | ||
# '''Przygotowanie receptora oraz liganda.''' Strukturę receptora pobrać można z bazy PDB (ang. Protein Data Bank), PDB ID: [http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2rh1 2RH1]. W pobranym pliku 2RH1.pdb oprócz innych cząsteczek zapisana jest struktura przestrzenna receptora β<sub>2</sub>-adrenergicznego. | # '''Przygotowanie receptora oraz liganda.''' Strukturę receptora pobrać można z bazy PDB (ang. Protein Data Bank), PDB ID: [http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2rh1 2RH1]. W pobranym pliku 2RH1.pdb oprócz innych cząsteczek zapisana jest struktura przestrzenna receptora β<sub>2</sub>-adrenergicznego. | ||
: a) Strukturę samego receptora należy zachować w osobnym pliku receptor.pdb (reszty od ASP29 do LEU342) | : a) Strukturę samego receptora należy zachować w osobnym pliku receptor.pdb (reszty od ASP29 do LEU342) | ||
| − | : b) Współrzedne liganda do pobrania: [[ligand.txt]] | + | : b) Współrzedne liganda do pobrania: [[plik:ligand.txt]] |
Wersja z 09:47, 1 cze 2012
Ćwiczenie: Dokowanie Ligandów
Celem ćwiczenia jest zbadanie sposobów wiązania się carazololu (typowego antagonisty receptorów adrenergicznych) do receptora β2-adrenergiczneg z zastosowaniem programu AutoDock. Receptory adrenergiczne, podobnie jak rodopsyna, należą do rodziny A receptorów GPCR. Receptory te zlokalizowane są w dużej liczbie tkanek i narządów człowieka, między innymi w centralnym układzie nerwowym, wątrobie, trzustce, nerkach, płytkach krwi i w oku. Typowymi endogennymi ligandami tych białek są hormony, takie jak adrenalina (epinefryna) oraz noradrenalina (norepinefryna). Receptory adrenergiczne biorą udział w kaskadach sygnalizacyjnych: regulujących poziom ciśnienia tętniczego, odpowiadających za częstość skurczów serca, wpływających na funkcje oddechowe oraz mobilizację organizmu do obrony. Receptory adrenergiczne dzielimy na dwa typy α i β. Ponadto w każdej z rodzin, występuje kilka podtypów danego receptora, które różnią się między sobą lokalizacją w organizmie, selektywnością w wiązaniu ligandów, a także sposobem przekazywania sygnału przez białka G.
Poniższe ćwiczenie pokazuje od strony praktycznej jak do miejsca wiążącego białka można zadokować ligand korzystając z rogarmu AutoDock oraz pakietu ADT (AutoDockTools):
- Przygotowanie receptora oraz liganda. Strukturę receptora pobrać można z bazy PDB (ang. Protein Data Bank), PDB ID: 2RH1. W pobranym pliku 2RH1.pdb oprócz innych cząsteczek zapisana jest struktura przestrzenna receptora β2-adrenergicznego.
- a) Strukturę samego receptora należy zachować w osobnym pliku receptor.pdb (reszty od ASP29 do LEU342)
- b) Współrzedne liganda do pobrania: Plik:Ligand.txt