Modelowanie molekularne - oprogramowanie

Z BioInf

Spis treści

Modelowanie molekularne - oprogramowanie

Modelowanie molekularne – zbiór technik obliczeniowych, które służą do modelowania i przewidywania właściwości cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych. Poniżej lista programów znajdujących zastosowanie w modelowaniu układów biologicznych, ich badaniu i wizualizacji.

Wizualizacja układów biologicznych

  • VMD
  • YASARA
  • RasMol
  • Molekel

Dynamika Molekularna

  • AMBER
  • NAMD
  • GROMACS
  • GROMOS
  • YASARA

Ocena struktury przestrzennej białka

  • ANOLEA
  • Prosa
  • Verify3D
  • WHAT_CHECK

Uliniawianie sekwencji

  • ClustalW

Budowa ligandów

  • PRODRG

Dokowanie

  • AUTODOCK4
  • DOCK
  • FlexX

Przewidywanie struktury białka

  • CABS
  • ROSETTA
  • MODELLER
Osobiste