(→Metadynamika) |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| + | =Metadynamika= | ||
| + | Szeroka klasa metod, które wykorzystują dodatkowy potencjał, który pozwala na szybszą eksplorację przestrzeni konfiguracyjnej. | ||
| + | Pierwsze użycie nazwy "metadynamika" pojawiło się w pracy [1], w 2002 roku, a więc jest to stosunkowo nowa metodologią. | ||
| + | Elementem łączącym rozmaite wcielenia metadynamiki (zobacz [1,2,3,4]) jest założenie o dobrze zdefiniowanym parametrze porządku. | ||
| + | Przykładowo, w przypadku wiązania ligandu przez enzym rozsądnym parametrem porządku jest odległość środka masy ligandu od środka masy miejsca aktywnego. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Podstawową wadą metadynamiki (ale też i wielu innych metod, jak [[Adaptive Biasing Force (ABF)|ABF]], [[Umbrella Sampling (US)|US]]) jest konieczność zdefiniowania parametru porządku. | ||
| + | Wydaje się, jednak, że o ile w innych metodach parametr porządku jest nieodzowny, w metadynamice istnieje możliwość pozbycia się go [5]. | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ==Literatura== | ||
| + | # ''Escaping free-energy minima.'' Proceedings of the National Academy of Sciences 99.20 (2002) 12562--12566, A. Laio, M. Parrinello. | ||
| + | # ''Stabilization of resonance states by an asymptotic Coulomb potential.'' J. Chem. Phys. 128 (2008) 134101/1--134101/7, V. Babin, C. Roland, C. Sagui. | ||
| + | # ''Free Energies from Adaptive Reaction Coordinate Forces (FEARCF): An application to ring puckering.'' | ||
| + | # ''Using the local elevation method to construct optimized umbrella sampling potentials: Calculation of the relative free energies and interconversion barriers of glucopyranose ring conformers in water.'' J. Comput. Chem. 31 (2010) 1--23. H.S. Hansen, P.H. Hünenberger. | ||
| + | # ''Approaching a parameter-free metadynamics'' | ||
Wersja z 07:20, 11 mar 2015
Metadynamika
Szeroka klasa metod, które wykorzystują dodatkowy potencjał, który pozwala na szybszą eksplorację przestrzeni konfiguracyjnej. Pierwsze użycie nazwy "metadynamika" pojawiło się w pracy [1], w 2002 roku, a więc jest to stosunkowo nowa metodologią. Elementem łączącym rozmaite wcielenia metadynamiki (zobacz [1,2,3,4]) jest założenie o dobrze zdefiniowanym parametrze porządku. Przykładowo, w przypadku wiązania ligandu przez enzym rozsądnym parametrem porządku jest odległość środka masy ligandu od środka masy miejsca aktywnego.
Podstawową wadą metadynamiki (ale też i wielu innych metod, jak ABF, US) jest konieczność zdefiniowania parametru porządku. Wydaje się, jednak, że o ile w innych metodach parametr porządku jest nieodzowny, w metadynamice istnieje możliwość pozbycia się go [5].
Literatura
- Escaping free-energy minima. Proceedings of the National Academy of Sciences 99.20 (2002) 12562--12566, A. Laio, M. Parrinello.
- Stabilization of resonance states by an asymptotic Coulomb potential. J. Chem. Phys. 128 (2008) 134101/1--134101/7, V. Babin, C. Roland, C. Sagui.
- Free Energies from Adaptive Reaction Coordinate Forces (FEARCF): An application to ring puckering.
- Using the local elevation method to construct optimized umbrella sampling potentials: Calculation of the relative free energies and interconversion barriers of glucopyranose ring conformers in water. J. Comput. Chem. 31 (2010) 1--23. H.S. Hansen, P.H. Hünenberger.
- Approaching a parameter-free metadynamics